Япония е разположена на Японските острови в Тихия океан (Хоншу, Хокайдо, Кюшу, Шикоку и около 6800 по-малки), архипелага Рюкю и архипелага Нампо. Релефът е предимно планински (над 3/4). Има много действащи и угаснали вулкани (най-висок връх е вулканът Фуджи на остров Хоншу – 3776 m). Често се наблюдават земетресения и цунами в крайбрежните райони. Равнините са малки по площ и са обработваеми земи. Умерен климат на север, до тропичен мусонен на юг (средна януарска температура -5 до –16 °С, средна юлска температура 22 до 28 °С, валежи 1700 – 4000 mm годишно). Характерни са тайфуните и късите пълноводни реки. Хвойнови, вечнозелени субтропични и тропични гори. 27 национални, 52 квазинационални, около 300 префектурни природни парка с обща площ над 5 млн. ha, 5 комплексни, 141 геоложки, 515 ботанически,109 зоологически, 93 горски резервата и други с обща площ над 1,2 млн. ha.